Son père, Katsuji Miyazaki, est alors directeur de Miyazaki Airplane, une entreprise aéronautique appartenant à son frère (l'oncle d'Hayao) et qui produisait les gouvernes des Zero (avions de chasse japonais). C'est certainement à ce contexte que Miyazaki doit cette passion pour les avions et le vol en général, thèmes omniprésents dans son œuvre.
La mère d'Hayao était une femme intelligente et stricte. Entre 1947 et 1955, souffrant de tuberculose vertébrale, elle reste alitée, d'abord à l'hôpital puis chez elle. Hayao était très proche d'elle. Par bien des aspects le film Mon voisin Totoro est donc autobiographique.
Fuyant la guerre, la famille Miyazaki déménage souvent (Utsunomiya, Kanuma). Hayao connaîtra trois écoles différentes en six ans.
Au lycée, Hayao Miyazaki découvre le premier film d'animation japonais en couleurs Le Serpent blanc, inspiré d'un conte populaire chinois, c'est une révélation ! Il est également grand amateur d'Osamu Tezuka et exerce alors ses talents de dessinateur dans le but de devenir mangaka. En 1962, il entreprend des études en économie à l'Université Gakushuin et rédige une thèse sur l'industrie japonaise. La même année, il rejoint un club de recherches sur la littérature enfantine.


